Кафедра системного анализа ВМК МГУ создана в 1992 году. Организатор и заведующий кафедрой - лауреат Ленинской премии, заслуженный профессор МГУ, академик РАН Александр Борисович Куржанский.
Кафедра была организована в связи с потребностью в специалистах по математическому и компьютерному моделированию для новых классов прикладных проблем в сфере экологии, экономико-финансовых процессов, биомeдицинских проблем, управления, автоматизации и т.д. Она предусматривает обучение по широкому спектру соответствующих математических и компьютерных дисциплин.
На кафедре ведётся активная научная работа по динамической оптимизации процессов управления и наблюдения, экономической динамике и финансовым процессам, биоматематике и процессам принятия решений в условиях неопределённости и многокритериальности.
Профессора кафедры являются авторами известных трудов по своей специальности, имеют высокую международную репутацию. Научные результаты кафедры регулярно представлены на ведущих отечественных и международных конференциях.
При кафедре имеется развитая система обучения в аспирантуре.